Muối fluorrua được dùng để tăng độ bền chắc của răng bằng việc tạo fluorruapatit, thành phần tự nhiên của men răng[6][7]. Dù natri fluorrua còn dùng để fluor hoá nước (ngừa sâu răng) và là tiêu chuẩn để đo các hợp chất làm fluor hoá nước khác, axit hexafluorosilicic (H2SiF6) và muối natri của nó natri hexafluorosilicat (Na2SiF6) cũng thường được dùng làm chất phụ gia ở Mỹ.[8] Kem đánh răng thường chứa natri fluorrua để ngăn ngừa sâu răng.[9] Natri fluorrua còn dùng làm chất lau chùi.[5] Sự đa dạng trong những ứng dụng còn có trong việc tổng hợp và khai khoáng. fluorrua còn là chất khử trong tổng hợp fluorruacacbon. Chất nền điển hình là các chloride có ái lực với điện như axyl chloride, chloride lưu huỳnh và chloride phôtpho.[10] Giống như các fluorrua khác, natri fluorrua còn có ứng dụng trong desilylation trong tổng hợp hữu cơ.Trong y khoa, natri fluorrua chứa fluor-18 được dùng trong chụp X-quang positron (positron emission tomography-PET). So với scintigraphy xương thông thường tiến hành với camera gamma hay hệ thống SPECT, PET nhạy cảm hơn và tiêu tốn nhiều không gian hơn. Một hạn chế nữa của natri fluorrua fluor-18 là ít phổ biến hơn thuốc chứa phóng xạ techneti-99m thông thường để chẩn đoán bệnh.

Natri fluorrua được dùng để bảo quản mẫu tế bào trong việc nghiên cứu thuốc và hoá sinh vì ion fluorrua ngăn cản sự thuỷ phân glycogen bằng cách ức chế enzim enolaza. Natri fluorrua còn dùng chung với axit iodoaxetic, nhằm ức chế enzim aldolaza. Nó còn dùng để giảm RIPA vì sự ức chế phosphataza khi dùng với Na3VO4.